Muzeu Historik i Shkodrës ka nisur të organizohet që në vitin 1947, nën emërtimin “Muzeu Popullor” dhe mori formë të plotë në vitin 1949. Muzeu u vendos në qendër të qytetit, në një ndërtesë monumentale të shekullit të XIX-të, vlerat e së cilës ia shtonte “Kulla e Sahatit” që ndodhej pranë tij.
Muzeu fillimisht u ngrit mbi bazën e koleksioneve të vjetra të kuvendeve të Jezuitëve dhe Françeskanëve themeluar që nga fundi i shekullit të XIX, si dhe nga koleksionet e familjeve shkodrane. Më pas ato erdhën duke u shtuar përmes dhurimeve, blerjeve, gjetjeve te rastit dhe gërmimeve arkeologjike. Në vitin 1996, Muzeu Historik i Shkodrës u transferua në banesën monumentale të restauruar, një shtëpi karakteristike shkodrane që mban emrin “Oso Kuka”, ku ndodhet edhe sot. Muzeu përbëhet nga seksionet e mëposhtme: të etnografisë, arkeologjisë, të artit pamor dhe bibliotekën, kjo e fundit shërben si fond i studimeve shkencore që kryen stafi i punës në veprimtarinë e tij. Shtëpia përmban një kompleks muzeor që rrallëherë e gjen në ndonjë qytet tjetër, me objekte e ambiente, të cilat tregojnë mënyrën e jetesës në veri të Shqipërisë.
Në nëntor të vitit 2002 u përurua Sektori i Arkeologjisë, i cili është i vendosur në katin përdhes të godinës dhe përmban rreth 500 objekte, nga të cilët rreth 200 më të përzgjedhurit, janë të ekspozuar; pjesa tjetër ruhet në fond. Objektet arkeologjike – muzeore të këtij sektori përfaqësojnë të gjitha periudhat historike, nga Neoliti 6000 vjet p.e.s. deri në Mesjetën e vonë shek. XVI. Objektet kanë një shtrirje gjeografike që përfshin gjithë zonat e Shkodrës. Një pjesë e mirë e tyre vjen nga gjetje të rastit, por ka edhe objekte që vijnë nga gërmimet arkeologjike të ekspeditave të kryera në këtë territor. Objektet e ekspozuara janë të ndryshme duke filluar nga veglat e punës, enë të përdorimit shtëpiak e të transportit, objekte kulti, armë luftarake, stoli, objekte varrezash, objekte arkitekturore, monedha e medalje. Një pjesë e tyre janë me vlera të spikatura artistike, ndërsa përsa i përket materialit të përdorur, ato janë të punuara në strall, gurë, mermer, kockë, qeramikë, metale, qelq etj. Ndër to ka objekte të prodhimit lokal, por edhe të ardhura përmes shkëmbimeve tregtare me vende të ndryshme të botës.
Sektori i Historisë përmban arkivin dokumentar dhe relikte të karakterit historik. Ky sektor është ndër më të pasurit në rrjetin muzeor të Shqipërisë. Ai ndahet në 55 fonde. Lënda që përmban është e karakterit historik, ekonomik, kulturor, artistik, gjuhësor, arsimor, administrativ, muzeor, shoqëror, memorialistik. Aty ruhen edhe përkthime në shqip e botimet e bëra nga Muzeu pas vitit 1949. Pjesë e Arkivit është edhe filmoteka me materiale historike të filmuara në Arkivin Qendror të Shtetit e me imazhe të tjera (mbi 3000).Gjithashtu, Fonoteka me koleksionin e pllakave të para të gramafonit, të regjistruara në Shkodër pas vitit 1953 e regjistrime orale të memories historike. Një koleksion më vete përbëjnë fotografitë, ku janë fiksuar evenimente, personazhe individuale ose në grup, monumente të ndryshme, personalitete të historisë etj.
Dokumenti më i vjetër konsiderohet një pergamenë katër-faqeshe e padeshifruar ende, për të cilën mendohet se daton në shek. XII – XIV. Fondi i objekteve historike të Muzeut përbëhet nga 4 koleksione kryesore, që dokumentojnë periudhën nga shek. XV e deri më sot: Koleksioni i armëve, Koleksioni i relikteve, Koleksioni i Vulave dhe Koleksioni numizmatik.
Sektori i Etnografisë ka një fond prej rreth 1230 objektesh, që u përkasin shek. XVIII – XX. Ato janë prodhime artizanale të qytetit të Shkodrës dhe të zonave gjeo-etnografike të pellgut të tij: Dukagjinit, Malësisë së Madhe, Shllakut, Postrribës, Zadrimës, Anamalit, Krajës, si dhe të krahinave të Pukës e të Mirditës. Një pjesë e tyre janë prodhuar nga individë të familjeve qytetare ose fshatare, kurse pjesa tjetër janë prodhime të mjeshtërve të punishteve artizananale të qytetit të Shkodrës, duke ndjekur traditën shekullore vendase, por edhe me elementë të rinj, të ndikuar nga kontaktet me kultura të huaja, në kohë të ndryshme. Në fondin e Muzeut gjenden afro 50 vegla muzikore tradicionale si: lahuta, qifteli, fyej, zumare, saze etj.
