Është më i madhi në Ballkan, me një sipërfaqe nga 360-540 km2, dhe së bashku me Lumenjtë Moraça, Drini e Buna përfaqëson një sistem unik, me potenciale të larta natyrore, biologjike dhe hidrologjike. Liqeni është 45 km i gjatë dhe 13km i gjerë dhe grumbullon ujërat nga pellgu ujëmbledhës prej rreth 5.179km2. Thellësia mesatare është 7-10m, ndërsa maksimalja 44m.
Nga ky liqen buron Buna, që derdhet në Adriatik. Dikur, liqeni shtrihej deri në rrëzë të Alpeve. Tiparet e sotme të liqenit janë formuar jo shumë kohë përpara. Sipas disa autorëve, ende vonë, në kohën historike, përmasat e liqenit ishin shumë të vogla. Më vonë sipërfaqja filloi të rritet, madje kjo rritje vazhdon edhe sot. Rritja më e madhe filloi sidomos në mesin e shekullit të kaluar, kur u formua një degë e Drinit, që derdhej në Bunë.
Edhe fauna e tij është e pasur dhe nga më interesantet në Evropë. Lumi i Bunës shërben si vendkalim i peshqve Det-Liqen dhe ndërsjelltas. Në të jetojnë afro 45 lloje peshqish, ndërmjet të cilëve dhe blini (Acipenser sturio). Disa kanë rëndësi ekonomike, si: Gjuca, Krapi, Qefulli, Ngjala, Njila, Lloska, Kubla etj.
Liqeni i Shkodrës është vlerësuar ndër hapësirat ujore më të mëdha në Ballkan, me ekosistem të pasur me peshq dhe shpendë. Për këtë arsye, qeveria shqiptare dhe ajo malazeze e kanë shpallur atë Zonë të Mbrojtur. Njëherësh është zonë e rëndësishme IBA për shpendët në Evropë (afro 40 lloje shpendësh ujorë) dhe për llojin globalisht të kërcënuar Phalacrocorax pygmeus. Përdoret për peshkim, ujitje dhe turizëm.
Liqeni karakterizohet nga një florë dhe faunë shumë e pasur e me shumë endemizma, si dhe nga një kapacitet dhe diversitet i lartë shpendësh, prej të cilëve 168 lloje u përkasin habitateve ujore.
